《东南大学学报(医学版)》现由中华人民共和国教育部主管，东南大学主办。原刊名《南京铁道医学院学报》，于1960年创刊，系双月刊，国内统一刊号CN32-1647/R，国际标准刊号ISSN1671-6264，邮发代号28-265，于双月25号出版，单价10.00，全年价60.00. 本刊2008年的影响因子为0.2068。
《东南大学学报(医学版)》现为中国科技论文统计源期刊(中国科技论文核心期刊)（2008、2010版科技论文统计源期刊目录期刊），曾获Caj-cd规范获奖期刊、首届《CAJ-CD规范》执行优秀奖称号，被美国化学文摘、俄罗斯文摘杂志收录。
《东南大学学报(医学版)》前身为《南京铁道医学院学报》,1960年创刊,1964年停刊,1983年复刊。复刊前学报作为第1卷，复刊后从第2卷起连续出刊，为半年刊。1987年起为季刊，1989年获准公开发行。随着南京铁道医学院与东南大学合并，学报于2001年9月更改为现刊名，2003年改为双月刊。

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