《首都医科大学学报》是由北京市教育委员会主管、首都医科大学主办的综合性医药卫生类学术期刊。创刊于1980年，曾名为《北京第二医学院学报》、《首都医学院学报》，1996年改为现名,双月刊。
本刊已被美国《化学文摘》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（PЖ）、北京大学图书馆《中文核心期刊要目总览》（第5版）、科技部《中国科技论文统计与分析》、中国生物医学文献光盘数据库、中文生物医学期刊文献数据库（CMCC）、中国医学文摘（基础医学、内科学、外科学、计划生育和妇产科学、儿科学、皮肤科学、口腔学、耳鼻咽喉科学、眼科学、肿瘤学、卫生学、检验与临床等12个分册）、中国药学文摘、中国学术期刊（光盘版）和万方数据系统科技期刊群引为源期刊。
《首都医科大学学报》主要刊发基础医学、临床医学、预防医学、药学等领域的新成果、新技术、新经验。设有专家述评、专题报道、论著(基础研究、临床研究)、技术方法、病例报告、短篇论著、综述、学科简介和名师访谈等栏目。

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